Την αδράνεια του Υπουργείου στα θέματα προστασίας του Θαλάσσιου περιβάλλοντος έχουν καταγγείλει επανειλημμένως οικολογικές οργανώσεις και αλιευτικοί φορείς και επιπλέον απαιτείται η λήψη άμεσων πρωτοβουλιών δεδομένου ότι οι προθεσμίες του Κανονισμού έχουν παρέλθει προ πολλού.
Στις 20-7-2007 υπεγράφη μεταξύ του ΟΣΕ και της ΤΡΑΙΝΟΣΕ από την μια πλευρά και της Π.Ο.Σ και του Σ.Ε ΠΡΟΑΣΤΙΚΟΥ από την άλλη ΕΙΔΙΚΗ ΕΠΙΧΕΙΡΗΣΙΑΚΗ ΣΥΛΛΟΓΙΚΗ ΣΥΜΒΑΣΗ ΕΡΓΑΣΙΑΣ που περιγράφει τους όρους ένταξης του προσωπικού του Προαστιακού στην ΤΡΑΙΝΟΣΕ με συγκεκριμένα χρονοδιαγράμματα. Πέρασε ένας χρόνος και από τα συμφωνηθέντα δεν υλοποιήθηκε τίποτα με ευθύνη των διοικήσεων του ΟΣΕ και της ΤΡΑΙΝΟΣΕ.